/ (アプリケーションルート）
├ server.py (Flaskを起動するファイル)
└ app名/
├ config.py (変数をまとめておくファイル)
├ hoge.db (SQLiteデータベースファイル)
├ models
├ __init__.py (設定・インポート等)
├ model-A.py (データベースモデル ex.記事データ ）
├ model-B.py (データベースモデル ex.ユーザーアカウントデータ)
├ scripts
├ __init__.py (設定・インポート等）
└ db.py (DBを初期化・設定するためのスクリプト)
├ static
└ style.css
├ templates
├ layout.html (共通テンプレート)
├ login.html (ログイン画面)
├ モデルAを使ったページのテンプレート ( ex. /entries : 記事の表示・編集等全般）
├ index.html
├ hoge.html
├ モデルBを使ったページのテンプレート ( ex. /user : ユーザーアカウント操作全般)
├ index.html
├ huga.html
├ views
├ __init__.py（設定・インポート等）
├ 機能A.py
├ 機能B.py
ご注意
自分の為の記録なので、他の人にとって役に立たない情報である可能性が極めて高いですm(_ _)m
書いている僕自身がまさに勉強中ですので、明らかに理解が間違っている記述があったら親切な方は教えて頂けるととても嬉しいです。